En 1990, la première indication de l'existence de l'acide nucléique séquence guidé gene silencing venait de scientifiques qui introduisent des copies supplémentaires d'un gène responsable de l'assombrissement de la couleur de la fleur dans le génome de Pétunia. En plus de créer des fleurs plus foncées, l'insertion de plusieurs copies des fleurs blanches de gène créé ou fleurs avec des taches de blanc mélangé avec des taches de couleur (panachées). Le blanc et le panaché de plantes avaient reconnu les transgènes nouvellement introduites comme étrangers et marqué leur ainsi que le gène homologue endogène pour faire taire les — un processus qui est devenu connu comme cosuppression.

Des expériences ultérieures ont montré que l'acide ribonucléique (ARN) transcrite à partir les transgènes a été le déclencheur silencieux. Andrew Fire et collègues, découverts en 1998 qui déclenchent de l'injection de l'ARN double brin (dsRNA) dans la dégradation du ver nématode Caenorhabditis elegans causé séquence-spécifique du cytoplasme d'ARN messager (ARNm) contenant la même séquence que l'ARNdb. Ce phénomène est appelé l'interférence ARN (ARNI) et fut bientôt lié aux événements cosuppression décrites plus haut dans les plantes.