Manaphy est un Pokémon de petit, bleu, aquatique. Il a tronqué pieds et les bras de massue qui sont plus longues que son corps. Manaphy a une gemme rouge sur sa poitrine et un point jaune au-dessous de la gemme. Manaphy a une tête en forme d'oignon avec une paire d'antennes longues bleus, qui ont de petites sphères sur la fin. Iris de Manaphy sont bleu foncé, même si les portions ultrapériphériques de ses yeux sont jaunes, avec deux points jaunes des marquages « sourcil » qui s'étend depuis les yeux. Quatre-vingt pour cent des corps de Manaphy est fait d'eau et est très sensible à son environnement. Une de ces réactions est que lorsque Manaphy reproduit dans un océan qui est plus chaud que ceux qu'ils sont originaires, l'enfant sera un Phione contre un autre Manaphy.