औषध खोज के लिए एक दृष्टिकोण। साइटों एक macromolecule, के साथ कई छोटे अणुओं की बातचीत के उदाहरण के लिए aminoglycoside एंटीबायोटिक दवाओं के साथ rRNA, MS द्वारा जांच की साथ-साथ हैं: जन स्पेक्ट्रम के एक अलग क्षेत्र के लिए प्रत्येक परिसर के अलावा प्रत्येक छोटे अणु के लिए विशेषता मास, जो अपनी बाइंडिंग macromolecule को प्रभावित नहीं करता है, के एक टैग के निर्देशन। विश्लेषण अग्रानुक्रम MS द्वारा टुकड़े की जो करने के लिए छोटे अणुओं से बाइंड macromolecule की इस विशिष्ट क्षेत्र का पता चलता है।