Formé dans les années 1980 par 2 membres du clergé indonésien, JI est devenue une organisation terroriste, lorsqu'un des co-fondateurs, Abdullah Sungkar, entra en contact avec Oussama ben Laden et al-Qaïda. JI a depuis propagation d'inclure des cellules terroristes dans tous les pays en Asie du sud-est et en Australie. Le principal objectif de l'organisation est la création d'une ASEAN unifié État islamique dont ils veulent s'étendent du sud de la Thaïlande, par l'intermédiaire de la péninsule malaise, qui englobe de Singapour et dans l'ensemble de l'archipel indonésien, dans le sud des Philippines. Ils sont les plus actifs en Indonésie, en Malaisie, Thaïlande et les îles du Sud des Philippines, où ils prétendent mener la guerre sainte contre les agents de "L'impérialisme occidental" et d'autres qui s'opposent à leur mouvement.

Actuellement dirigé par le religieux Abou Bakar Bashir, le JI est considéré comme responsable pour l'octobre, les attentats de 2002 à Bali, l'attentat du Marriott en août 2003 et un complot ayant échoué pour bombe U.S. et les ambassades israéliennes et les bâtiments diplomatiques britanniques et australiennes à Singapour en décembre 2001.