Une puissante méthode d'imagerie 3D à l'aide d'un microscope électronique. Objets d'imagerie biologique avec un microscope électronique, en principe, est très similaire à l'imagerie avec un microscope optique. Dans l'imagerie électronique, une haute énergie (généralement 100 – 400 kV) par faisceau d'électrons cohérente est utilisé comme la source d'éclairage, et les lentilles de focalisation sont des lentilles magnétiques. Faisceau d'électrons l'incident interagit avec le spécimen et transporte des informations sur la structure interne de l'échantillon que les images sont forment à travers les lentilles de l'objectif. Ces images sont encore amplifiés et enregistrées sur films photographiques ou de caméras charge coupled device (CCD) sous forme d'images de la projection 2D. La projection 2D images contiennent des informations à travers l'épaisseur de l'échantillon s'est effondrée sur un plan. Traditionnellement, cette méthodologie a été utilisée avec succès pour étudier l'ultrastructure cellulaire et analyser l'immunomarquage des coupes ultrafines de spécimens biologiques à des résolutions qui sont 100 fois meilleures que celle effectuée au microscope photonique. Toutefois, lorsqu'on analyse les spécimens plus épaisses, en raison de la grande profondeur de champ avec le faisceau d'électrons, projection 2D images contiennent superposition des caractéristiques dans la direction du faisceau d'électrons qui masque une grande partie de l'information. Néanmoins, parce que ces images de projection 2D contenant des informations provenant de toutes les hauteurs de l'échantillon, il est donc possible en combinant des vues différentes des images projection pour obtenir la structure interne 3D de l'objet d'un ensemble d'images de projection 2D à l'aide d'une méthode d'imagerie telles que la tomographie électronique (HE).